MIN 3 Sukoharjo terus berkomitmen mengembangkan potensi non-akademik siswa, salah satunya melalui cabang olahraga bela diri Pencak Silat. Sebagai warisan budaya bangsa, Pencak Silat di MIN 3 Sukoharjo tidak hanya mengajarkan ketangkasan fisik dan pertahanan diri, tetapi juga penanaman nilai-nilai karakter, kedisiplinan, dan kemandirian.
Kegiatan yang diikuti oleh siswa-siswi dari berbagai jenjang kelas ini dibina oleh pelatih profesional yang fokus pada penguasaan teknik dasar serta penguatan mental spiritual. Diharapkan melalui latihan rutin ini, siswa MIN 3 Sukoharjo mampu menorehkan prestasi di berbagai ajang kompetisi, sekaligus menjadi generasi muda yang sehat secara jasmani dan luhur secara budi pekerti.